Закопане повстало на місці сезонних поселень пастухів. Ймовірно вперше документально засвідчено це поселеня було 1578 року королем Стефаном Баторі, проте документ не зберігся. Станом на 1676 рік поселення налічувало 43 мешканці. Початково поселення належало Польському королеві, після розділу Польщі - королевству Австрійської Імперії. 1824 Закопане було продано родині Гомолясків. У XVIII столітті на колоицях посленння (Кужніце) збудовано залізну ливарню, яка станом на XIX століття стала найбільшою у регіоні. Розквіт Закопане розпочався у другій половині XIX ст., з діяльністю Титусу Халубінського. 1876 року в Закопане була відкрита школа різб'ярства, а 1886 поселення визнано оздоровчим курортом. 1889 року Закопане налічувало 3000 мешканців.

1918 року по закінченню Першої світової війни Закопане знову входить до складу Польщі

1933 року Закопане отримало статус міста. В роки Другої світової війни місто стало важливим підпільним польським пунктом між Польщею та Угорщиною. 1940 року у Закопаному проходила одна третя конференція між Гестапо та НКВД, присвячена питання окупації та розділу Польщі між Третім Рейхом та СРСР. У підземеллі готелю "Palace" розташовувалася в'язниця Гестапо.

З 1954 року гірські території, що примикають до міста із півдня віднесено до Татранського національного заповіднику.