Колискою міста був один з островів, що виникли завдяки розгалуження головного течії річки Брда. На місці сьогоднішнього міста раніше розташовувався кастелянскій град під назвою Будегац, перші згадки якого відносяться до 1238. Завданням міста було охорона переправ через річку, а також захист кордонів Мазовії, спочатку від прусів, а потім від хрестоносців.

Міські права Бидгощ отримав в 1346 з рук короля Польщі, Казимира Великого. З цього часу наступив швидкий розквіт Бидгощ, практично з нуля був побудований кам'яний місто з водопроводами, 8 костьолами, королівським замком, кріпаками мури, двері, вежами і монетним двором. Розвивалася торгівля сіллю і зерном, а також освіта, почалося будівництво млинів і комор.

У XVII столітті, в результаті Шведського потопу, Бидгощ був захоплений шведами, а замок - повністю знищений. Місто позбувся своєї величі і значення.

XVIII століття вніс чергові зміни в історію Бидгощ. У 1772-1806 і 1815-1920 роках, в результаті I розділу Польщі, місто перейшло у володіння Пруссії. В цей час він знову почав розвиватися і здобувати економічну вагу завдяки будівництву Бидгоского каналу, стаючи внутрішньоконтинентальні портом, що з'єднує річки Брда і Вісла з річками Нотець і Варта. Місто почало набувати своє значення не лише завдяки водного повідомленням, але також розвивається залізничної мережі та інтенсивному розвитку промислової та фінансової сфер. Великий вплив на зміцнення позиції Бидгощ зробило розвиток культури і спортивних традицій.