Колыбелью города был один из островов, возникших благодаря разветвлению главного течения реки Брда. На месте сегодняшнего города раньше располагался кастелянский град под названием Будегац, первые упоминания о котором относятся к 1238 году. Заданием города было охрана переправ через реку, а также защита границ Мазовии, сначала от пруссов, а потом от крестоносцев.
Городские права Быдгощ получил в 1346 года из рук короля Польши, Казимира Великого. С этого времени наступил быстрый расцвет Быдгоща, практически с нуля был построен каменный город с водопроводами, 8 костёлами, королевским замком, крепостными стенами, воротами, башнями и монетным двором. Развивалась торговля солью и зерном, а также просвещение, началось строительство мельниц и амбаров.
В XVII веке, в результате Шведского потопа, Быдгощ был захвачен шведами, а замок - полностью уничтожен. Город лишился своего величия и значения.
XVIII век внёс очередные изменения в историю Быдгоща. В 1772-1806 и 1815-1920 годах, в результате I раздела Польши, город перешел во владение Пруссии. В это временя он снова начал развиваться и приобретать экономический вес благодаря строительству Быдгоского канала, становясь внутриконтинентальным портом, соединяющим реки Брда и Висла с реками Нотець и Варта. Город начал обретать своё значение не только благодаря водному сообщению, но также развивающейся железнодорожной сети и интенсивному развитию промышленной и финансовой сфер. Большое влияние на укрепление позиции Быдгоща оказало развитие культуры и спортивных традиций.
Период II Мировой войны был для Быдгоща очень тяжелым временем, так как в сентябре 1939 г. в город вошли немецкие войска и в ответе за так называемое «Кровавое воскресенье» начали вести политику террора -
проводили публичные экзекуции тысяч людей, главным образом польской интеллигенции, массовые депортации в отдаленные районы Рейха и концентрационные лагеря. В то время Быдгощ (уже как Бромберг) был присоединен немцами к провинции Гданьск/Западная Пруссия в качестве центра регенции. Город был освобожден 26 января 1945 г.