Zygmunt August去世以后，新统治者都是由自由选举产生，但同样王朝的两位成员：Waza家族（ Zygmunt III，他的儿子： Władysław IV和Jan Kazimierz；都是Katarzyna Jagiellonka和Jan - 芬兰王公的后裔）和 Wettin家族（ August II Mocny和他的儿子August III）都被加冕了。第一次选举时间比较长而Henryk Walezy统治的时间特别短。然后与雅盖洛王朝（Jagiellonowie）利益相关的贵族选举了Anna Jagiellonka（Zygmunt August的妹妹）为国王，同时也为她选定了丈夫：Stefan Batory（特兰西瓦尼亚的王公）。1579 - 1582 年波兰取得与俄罗斯作战的胜利，这使国王占有了利沃尼亚公国以及普沃茨克的领土。此时国王也发现一定要对波兰的军事进行改革，所以他建立了由两千位步兵成员组成的第一个职业军队。由于军事改革需要财政方面的支持，所以波兰国王同意了勃兰登堡的Hohenzollern家族控制普鲁士领地。

Waza家族统治的时候一直在跟俄罗斯、瑞典、土耳其进行混战。由于贵族之间的矛盾加深以及中央集权加强的尝试，国内局势出现了许多问题。随着议会的抗议，国王想进行财政和军事改革的法案难以实施，Zygmunt国王拒绝1573年华沙联盟行政规章的计划。这导致了反对国王的贵族们暴动。1607年在Guzów的贵族暴动失败。国王对贵族的屈服导致波兰陷入了所谓“Dymitriada”政治争吵之中（也就是任命俄罗斯国王为波兰国王候选人的尝试）。这是与俄罗斯战争的原因所在。立陶宛收复了斯摩棱斯克（Smoleńsk)、Czerniachów, 谢维尔兹（Siewierszczyzna)的领土。这些收复的合法性在1632年的Polanów条约得到了确认。俄罗斯为了重新得到失去的领土，利用哥萨克反对波兰共和国而组织了暴动(1648 - 1658)。在Batoh（ 1652年）波兰战败以后在Perejasław（1654年）俄罗斯与哥萨克达成协议：乌克兰的第聂伯河划入俄罗斯的领土。这导致波兰-俄罗斯下一个矛盾冲突。俄罗斯虽然有些好成绩（比如：在维尔纽斯、格罗德诺、斯摩棱斯克等）但是由于瑞典攻击了波兰而停止了自己的进攻。尽管俄罗斯与波兰有些矛盾，但俄罗斯不想在波罗的海瑞典的权利巩固起来。1660年波-俄战争又一次重新点燃， 在Połonka i Cudnów获胜以后，波兰军事指挥官-Jerzy Lubomirski重新占领了差不多所有的乌克兰领土。但是因为经济危机的原因，1667年在Andruszów波兰共和国被迫与俄罗斯休战，同时两个国家均分了乌克兰。

波兰与瑞典长期矛盾的主要原因是利沃尼亚公国以及从1598年的信新教的与信天主教的Waza家族成员之间的矛盾，也就是Karola IX Sudermański接管了瑞典的国王宝座的原因。 把瑞典国王拉下台使Zygmunt III到波兰的领土增加了，Karol IX想占用利沃尼亚公国的波兰部分，但是在Kircholm（1605年）失败了。“三十年抗战”（ 1618-1648）时，波-瑞矛盾复兴了。这次战争时瑞典很积极，计划攻占波罗的海南部海岸的领土。这是“三十年抗战”时瑞典对波兰感兴趣的原因。瑞典最初攻占了普鲁士公国，以后 – 东波美拉尼亚。这致使谷物贸易停止。虽然在海上波兰击败了瑞典（1627年在Oliwa），但在陆地上失败了，因此，1629年两国在Stary Targ达成了协议。瑞典得到普鲁士的港口以及格但斯克港口的3,5%的关税。瑞典国王去世以后, 1635年在 Sztumska Wieś达成的为期26年的协议又延长了，瑞典离开了普鲁士的港口但攻占了利沃尼亚公国的所有领土。

Hohenzollern家族利用“三十年抗战”以及波兰困难时期的局势，在1618年抢占了普鲁士和勃兰登堡的宝座，对波兰国王停止了拜谒（最后的一个是在 1641年），也得到了西波美拉尼亚。这样维斯瓦河的入海口被普鲁士以及勃兰登堡占用了。

下一个瑞典国王 – Karol Gustaw延续了在波罗的海领土扩张的政策。利用内战和波-俄战争，在1655年瑞典攻击了波兰；很快就攻占了华沙、克拉科夫，这使波兰国王Jan Kazimierz被迫离开了波兰。一部分的波兰军队加入胜利的瑞典军队。贵族希望瑞典国王继续维持以前的优惠政策，持异议者期望在宗教问题上实行宽容政策。但是瑞典没有履行对贵族的诺言，而掠取了波兰的资产和领土。这些导致了反对瑞典的暴动；琴斯托霍瓦的寺院的英勇防御（1655年11月到12月）、在Tyszowice(1655 年12月）结为联盟以及Jan Kazimierz国王回来波兰是暴动的最重要点。波兰国王希望波兰农民协助他跟瑞典作战，所以他保证（1656年在利沃夫）会改善农民的待遇。在这种情况下瑞典国王对特兰西瓦尼亚的王公、勃兰登堡的国王、哥萨克的族长的建议是促使波兰共和国分裂。但是波兰两个长官：Stefan Czarniecki 和 Jerzy Lubomirski击退了特兰西瓦尼业的以及瑞典的军队。波兰把普鲁士公国还给了勃兰登堡，并享有独立自主的权力（1657年).不久之后，所谓的“洪水”的波瑞战争在1660年的Oliwa结束。

波兰与土耳其产生矛盾的原因是多瑙河旁的领土：摩尔多瓦、瓦拉奇公国的分配问题。这些都是土耳其的封地，16世纪乌克兰的贵族家：Potoccy和Wiśniowieccy开始对这些领土感兴趣。哥萨克人攻击土耳其的城市（ Kaffa, Synopa, Trapezunt），而苏丹的国民 - 鞑靼人攻击波兰的东南领土，这是波兰与土耳其产生矛盾的另外一个原因。而波土战争的直接原因是波兰军队“Lisowczycy”攻击了土耳其。他们也逼走了土耳其的采邑特兰西瓦尼亚王公- Gabor Bethlen离开维也纳。1620年在Cecora第一个战役失败以后，1621年在Chocim波兰军队停止了对土耳其的攻击。但波兰共和国终止了占领多瑙河旁领土的计划。五十年以后土耳其利用衰弱的波兰，在1672 年攻占了Kamieniec Podolski以及乌克兰。在Buczacz的协议中波兰承认自己战败：土耳其得到Podole、Bracławszczyzna、Kijowszczyzna的部分。1673年在Chocim Jan Sobieski的波兰军队取得了胜利，但是1678年在Żurawno的协议中，波兰仍然要给土耳其Podole。因为军事的成功使Jan Sobieski成为了波兰的国王，被人民称作Jan III Sobieski。在外交方面，新国王希望与法国、瑞典一起反对勃兰登堡，以重新获得在普鲁士公国的权力。但是波兰贵族不赞成这些计划，因此国王想继续与土耳其的战争，以取回Podole以及乌克兰。这使波兰与奥地利的形成了联盟。Jan III Sobieski与土耳其战争的成功使他很受欢迎。Habsburg家族也利用波兰的胜利：得到匈牙利、特兰西瓦尼亚。波兰收回乌克兰以及Podole（1699年在Karłowice的协议）。

17世纪波兰与俄罗斯、土耳其、瑞典国家的战争导致波兰的在领土、人口、经济上损失惨重。经济危机对农民的影响最为明显。随着农民日益贫穷，在城市贸易和工艺也逐渐瓦解。贵族在政治方面发挥了最重要的作用。与东正教的与新教邻国的战争中，这使对持异议者的不能容忍加强了。1658年阿里安斯被赶走，1668年议会禁止抛弃天主教。